Od 1992 roku FNP przyznaję Nagrodę Fundacji uznawaną za najbardziej prestiżowe polskie wyróżnienie naukowe. Dotychczas otrzymało ją ponad 100 uczonych, w tym 26 wybitnych profesorów Uniwersytetu Warszawskiego:

• Rafał Latała, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki, 2023, w obszarze nauk matematyczno-fizycznych i inżynierskich, więcej >>
• Adam Łajtar, Wydzial Archeologii, 2022, w obszarze nauk humanistycznych i społecznych, więcej >>
• Jacek Jemielity, Centrum Nowych Technologii, 2021, w dziedzinie nauk chemicznych i o materiałach, więcej >>
• Cezary Cieśliński, Wydział Filozofii, 2021, w dziedzinie nauk humanistycznych i społecznych, więcej >>
• Krzysztof M. Górski, Obserwatorium Astronomiczne (Wydział Fizyki), 2020, w dziedzinie nauk matematyczno-fizycznych i inżynierskich, więcej >>
• Ewa Górecka, Wydział Chemii, 2020, w dziedzinie nauk chemicznych i o materiałach, więcej >>
• Krzysztof Pachucki, Wydziału Chemii, 2018, w dziedzinie nauk o życiu i o Ziemi, więcej >>
• Andrzej Dziembowski, Wydziału Biologii, 2018, w dziedzinie nauk matematyczno-fizycznych i inżynierskich, więcej >>
• Andrzej Trautman, Wydział Fizyki, 2017, w dziedzinie nauk matematyczno-fizycznych i inżynierskich, więcej >>
• Karol Grela, 2014, Wydział Chemii, w dziedzinie nauk chemicznych i o materiałach, więcej >>
• Iwo Białynicki-Birula, Wydział Fizyki, 2014, w dziedzinie nauk matematyczno-fizycznych i inżynierskich, więcej >>
• Andrzej K. Tarkowski, Wydział Biologii, 2013, w dziedzinie nauk o życiu i o Ziemi,
• Ewa Wipszycka, Wydział Historyczny, 2012, w dziedzinie nauk humanistycznych i społecznych,
• Tomasz Giaro, Wydział Prawa i Administracji, 2011, w dziedzinie nauk humanistycznych i społecznych,
• Tadeusz M. Krygowski, Wydział Chemii, 2010, w dziedzinie nauk ścisłych,
• Andrzej Koliński, Wydział Chemii, 2009, w dziedzinie nauk przyrodniczych i medycznych,
• Karol Modzelewski, Wydział Historyczny, 2007, w dziedzinie nauk humanistycznych i społecznych,
• Tomasz Dietl, Wydział Fizyki UW oraz Polska Akademia Nauk, 2006, w dziedzinie nauk ścisłych,
• Andrzej Udalski, Wydział Fizyki, 2002, w dziedzinie nauk ścisłych,
• Jadwiga Staniszkis, Wydział Filozofii i Socjologii, 2004, w dziedzinie nauk humanistycznych i społecznych,
• Jerzy Szacki, Wydział Filozofii i Socjologii, 2003, w dziedzinie nauk humanistycznych i społecznych,
• Marek Pfützner, Wydział Fizyki, 2003, w dziedzinie nauk ścisłych,
• Maciej Z. Gliwicz, Wydział Biologii, 2001, w dziedzinie nauk przyrodniczych i medycznych,
• Jan Strelau, Wydział Psychologii, 2000, w dziedzinie nauk humanistycznych i społecznych,
• Bogumił Jeziorski, Wydział Chemii, 2000, w dziedzinie nauk ścisłych,
• Stanisław Lech Woronowicz, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki, 1993, w dziedzinie nauk ścisłych.