Od 1881 r. studiował na Cesarskim Uniwersytecie Warszawskim, ale już rok później przeniósł się do Dorpatu. Tam, po ukończeniu studiów, został asystentem Katedry Mineralogii i Geologii. W 1894 r. uzyskał stopień doktora chemii.

 

Po powrocie do Warszawy, w 1904 r. założył pracownię mineralogiczną, a 4 lata później został członkiem Warszawskiego Towarzystwa Naukowego.

 

Na odrodzonym Uniwersytecie został profesorem mineralogii i petrografii. Już w 1918 r. został prorektorem uczelni, a w 1919 r. jej rektorem. W latach dwudziestych, mimo zaawansowanego wieku, dużo publikował (około 100 artykułów). Był wieloletnim redaktorem „Archiwum Mineralogicznego”. W 1935 r. przeszedł na emeryturę, zostając profesorem honorowym. Okres wojny przeżył na wsi, po 1945 r. osiadł u rodziny w Krakowie.

 

Działające obecnie na Wydziale Geologii Muzeum nazwane jest imieniem Stanisława Józefa Thugutta.